En el marco de la ALICMAR los congresos se han realizado desde 1976 y la frecuencia bianual se registra a partir de 1979. Estas reuniones han contribuido a estimular la investigación sobre ciencias del mar y ramas afines entre los profesionales y estudiosos latinoamericanos y, a su vez, a fomentar una conciencia conservacionista en relación al manejo racional de los ecosistemas acuáticos.

Desde la constitución de ALICMAR, se han llevado a cabo 20 congresos. No obstante, a partir de 1985 se instaura como Congreso Latinoamericano de Ciencias del Mar, al llevarse a cabo primer COLACMAR en Santa Marta (Colombia). Su última versión, XII COLACMAR, realizada en abril de 2007, fue organizada por la Sociedad Brasileña de Oceanografía (AOCEANO) y tuvo lugar en la ciudad de Florianopolis, Brasil.

El congreso convoca a los investigadores, administradores de recursos naturales, estudiantes, tecnólogos, ingenieros y políticos, cuyo quehacer esté relacionado con aspectos ambientales, biológicos, tecnológicos, económicos y sociales asociados con el uso y preservación de los ecosistemas acuáticos. La participación de ellos se hace efectiva mediante la presentación de trabajos de investigación, en forma oral o mediante panel, o como asistente. Cabe destacar que durante el congreso se realizan además conferencias magistrales ofrecidas por invitados especiales, simposios de materias específicas, talleres de discusión y reuniones técnicas de temas atingentes.

El próximo congreso, correspondiente al XIII COLACMAR, será organizado por el Comité Oceanográfico Nacional de Cuba, y tendrá lugar en la Ciudad de la Habana, Cuba, en octubre de 2009.